DEKOSİM projesinin ana amaçlarından birisi kurulan gözlem ve izleme sistemlerinden veri elde etmek ve bu veriden üretilecek olan bilginin ve teknik altyapının Türkiye'de deniz ile ilgili kamu kurum ve kuruluşları, üniversiteler ve özel sektör ile paylaşılmasıdır. Bu amaçla birçok ulusal ve uluslararası iş birliği geliştirimektedir. DEKOSİM merkezi altyapısı katkıları ile Deniz Bilimleri Enstitisü son yıllarda birçok uluslararası iş birliği geliştirmiş, birçok konsorsiyum liderliğine imza atmıştır. AB Ufuk 2020 Black Sea CONNECT (13 ulusal ve uluslararası ortak), AB Ufuk 2020 BRIDGE-BS (31 ulusal ve uluslararası ortak) mavi büyüme projeleri DEKOSİM destekli ODTÜ DBE koordinasyonunda yürütülen projeler arasında ön sırada yer almaktadır. Liderliklerin yanı sıra DEKOSİM, ODTÜ DBE araştırmacıları uluslararası projelerde ortak olarak yer alıp, iş paketi liderliği rolü üstlenmektedir. Ufuk Avrupa OCEAN-ICU, Ufuk Avrupa C-BLUES, Ufuk Avrupa BlueMissionMed (Misyon Okyanuslar), Ufuk Avrupa ACT-NOW, AB Ufuk 2020 DOORS (Mavi Büyüme) ve AB Ufuk 2020 ARSINOE (Yeşil Mutabakat) bu çok uluslu proje ortaklıkları arasında yer almaktadır.
Bölgesel iş birlikleri ile mavi ekonomi ve mavi büyüme alanlarında yerel yönetimlere, STK'lere ve özel meslek örgütlerine öncülük edilmektedir. Bu alanda özellikle yerel yönetimlerle yürütülen denizel izleme çalışmaları çevre, halk sağlığı ve turizm alanında katkı sağlamakta, yönetimsel açıdan yenilikçi çözümler ve yöntemler geliştirilerek yerel yönetimlerin yönetim planlarına katkı sağlanmaktadır. Ayrıca ulusal ölçekte kamu kuruluşları ile yapılan iş birlikleri ile yine veri, gözlem ve altyapıda geliştirilen ekosistem modellerine dayanan yenilikçi araçlar ile çözümler üretilmekte, çevresel etki izlemesi ve değerlendirilmesi yapılarak yönetim planları için öneriler geliştirilmektedir. Buna en somut örnek Marmara Denizi'nde son 20 yıl içinde insan baskısıyla meydana gelen bozulmanın, sayısal fizik ve ekosistem modelleri ile doğru anlaşılarak yönetim planları önerileri geliştirmek için gerçekleştirilen MARMOD projesidir. Denizlerimizin bilinmeyenlerini birlikte keşfetmek hedefiyle Türkiye İş Bankası ve ODTÜ DBE arasında gerçekleştirilen iş birliği kapsamında Türkiye'nin ilk Glider cihazı "Deniz Kaşifi" ülkemize kazandırılmıştır. Deniz kaşifi DEKOSİM araştırmalarına, uzun robotik oşinografik misyonlar ile deniz sistemlerinin davranışlarını yüksek mekansal çözünürlükte incelenmesi konusunda destek sağlamaktadır. Bilimsel iş birliklerinin yanında, DEKOSİM altyapısı zaman zaman çeşitli firmalar ile ortak çözümler üretmeye yönelik kullanılmıştır. Örneğin METEKSAN firması DEKOSİM altyapısı ile çeşitli sualtı testlerini zaman zaman yapmaktadır, yine METEKSAN'ın ürettiği insansız deniz araçlarına oşinografik sistemlerin uygulanması planlanmaktadır. MTA bu altyapıdan faydalanarak eğitimler almaktadır. DEKOSİM altyapısı özellikle ODTÜ TEKNOKENT TTO ve Mersin TEKNOKENT, Mersin Sanayi ve Ticaret Odası, Mersin Deniz Ticaret Odası gibi ulusal ve bölgesel yenilik ekosisteminin önemli paydaşları ile sıkı iş birliği içerisinde özellikle denizel mavi ekonomi alanında genç girişimcileri teşvik etme, yatırımcı çekme gibi konularda ortak fikirler üretmektedir. Yanı sıra bölge kalkınma ajansı olan Çukurova Kalkınma Ajansı ile öncelikli Mavi Ekonomi Bilgi Platformu geliştirilmesi konusunda çeşitli iş birlikleri gerçekleştirilmektedir.
