geri  

Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarı

 

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Deniz Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarı (ODTU-DBE-MBG) Kalkınma Bakanlığı’nın (Devlet Planlama Teşkilatı: DPT) katkısı ile kurulmuştur.

Laboratuvar;

-          Genotoksikoloji

-          Populasyon genetiği

-          DNA barkodlama vb. birçok çalışmanın yürütülebileceği bir alt yapıya sahiptir.  

Bu çalışmalardan bazılarının içeri şöyle özetlenebilir.

 

Mavi Biyoteknoloji (Deniz Biyoteknolojisi);

-          Denizel organizmaları kullanarak yeni ilaçlar üretmek,

-          Denizel organizmaların genlerini kullanarak daha dayanıklı bitkilerin geliştirilmesi,

-          Bazı ilkel denizel organizmaların neredeyse tüm vücudunda bulunan ve kaybolan uzvun tamamının yeniden şekillenmesini sağlayan kök hücre siteminin mekanizmasını insanoğlunun yararına kullanmak.

 

Genotoksikoloji;

Birçok kaynaktan atmosfere verilen kirleticilerin (Poli-halojenlenmiş Aromatik Hidrokarbonlar) veya fabrikalardan denizlere boşaltılan atık suların;  başta kanser, hormonal bozukluklar, şeker hastalığı, gelişme bozuklukları, cinsiyetin dişi yönüne kayması olmak üzere birçok hastalığa neden olduğu bilinmektedir.

Genotoksikoloji çalışmaları bu hastalıklara neden olan kirleticilerin mekanizmalarını ortaya çıkararak bunlardan korunma ve tedavi yöntemlerini geliştirmekte aynı zamanda toplumun bu kaynaklara karşı bilinçlendirilmesini sağlamaktadır.

 

Populasyon genetiği çalışmaları;  Hem farklı denizlerimizde bulunan türlerin popülasyonlarının birbirleri ile olan hem de diğer denizlerde ve okyanuslarda bulunan akrabaları ile olan ilişkilerini ortaya çıkarmaktadır. Bu alanda elde edilen çıktılar türlerin geçmişleri hakkında bilgi verirken aynı zamanda gelecek potansiyellerini de ortaya koymaktadır böylece yetiştiricilik çalışmaları için en uygun ırkların/türlerin seçilmesini sağlamaktadır.

 

Yukarıda bildirilen çalışmaların çıktıları, karşılıklı olarak belirlenecek koşullar çerçevesinde aşağıda bildirilen Bakanlıklar tarafından kullanılabilecektir.

-          Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı

-          Orman ve Su İşleri Bakanlığı

-          Sağlık Bakanlığı

-          Bilim Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı

-          Çevre ve Şehircilik Bakanlığı

 

ODTU-DBE Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarında yürütülen Projeler;

 

-          TUBITAK-113Y179 nolu proje “Karadeniz zooplanktonunda hızlı tür tayini için bir yöntem”: Proje kapsamında türlerin DNA barkodları yapılacak ve HRM profilleri belirlenecektir. Karadeniz zooplankton türleri için hazırlanacak olan barkodlar “IMS-METU Black Sea Zooplankton Project” başlığı altında BOLD (The Barcode of Life Data Systems; http://www.boldsystems.org/)’de yayınlanacaktır. Birçok türün DNA barkodu bu çalışma ile dünyada ilk defa yapılmış olacaktır. Proje, İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Prof. Dr. Orhan İnce ve ENGY Çevre ve Enerji Teknolojileri Biyoteknoloji Araştırma Geliştirme Ltd. Şti. işbirliği ile yürütülmektedir. 

 

-          ODTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik, Bilkent Üniversitesi Biyoinformatik Bölümünün yürüttüğü “İnci Kefali Genom Projesi’nin bir bölümü ODTU-DBE-MBG laboratuvarda yapılacaktır.

 

-          Ayrıca İsrail Limnolojik ve Oşinografik Araştırma Enstitüsü (IOLR) ile yürütülen DNA Barkodlama projesinin çıktıları ODTU-DBE-MBG laboratuvardaki bilgisayarlarda analiz edilmektedir.

 

 

 

 

 

ROCHE 480 II Real Time PCR Cihazı

 

Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi (PCR) ile nükleik asitlerin (DNA ve RNA) belirlenen hedef bölgesinin yükseltgenme işlemini gerçekleştirmesinin yanında tam zamanlı olarak ürünlerin miktarını bildirmekte ve yüksek çözünürlükteki erime değeri grafikleri sayesinde hedef bölgeler arasındaki farklılıkları ortaya koymaktadır.

 

Klasik PCR cihazı (T100-BIORAD)

Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi (PCR) ile nükleik asitlerin (DNA ve RNA) belirlenen hedef bölgesinin yükseltgenme işleminin otomatik olarak gerçekleştirilmesi için dizayn edilmiş bir cihazdır. Böylece istenilen DNA bölgesinin milyonlarca kopyası yapılmaktadır.

 

Çeker Ocak ve Hassas Terazi 

 

Tehlikeli sıvılar ile çalışılırken veya kimyasallar tartılırken güvenli bir ortam sağlayan çeker ocak ve içinde bulunan yüksek hassasiyetteki terazi.

 

Jel Görüntüleme Sistemi  (Quantum ST4 VILBER LOURMAT)

 

 

 

 

UV ışımalı elektroforez jelleri, protein jelleri, otoradyogramlar, blotlar, dot blotlar, ince tabaka kromatografi plakaları gibi örneklerden görüntü almaya ve bunları analiz etmeye sağlayan sistemdir. Sistem görüntüyü basmaya yarayan Sony marka özel bir yazıcı ve donanımlı bir bilgisayara sahiptir.

 

 

 

 

 

 

Elektroforez Sistemi (AI-BII) ve Güç Kaynağı

  

 

Sistem, yatay jeller kullanılarak, nükleik asit ve protein ayrıştırması için birçok avantajlar sunan ve moleküler biyoloji araştırmaları için temel bir araç teşkil eden elektroforezi gerçekleştirmektedir.

Soğutucular ve Dondurucular

 

Buzdolabı ver –20 derin dondurucu numune ve sarf malzemelerin korunması için kullanılmaktadır.

 

 

 

 

 

 

Buz makinesi (SCOTSMAN)

 

Deney düzeneği içerisindeki enzimlerin zamanından önce aktifleşmesini engellemek ve bozulmalarını önlemek için deneyin kar içinde hazırlanması gerekmektedir. Cihaz bu amaçlar için gerekli olan kırık buzu üretmektedir.

 

Tek ve Çok kanallı Mikropipet Setleri (Thermo)

 

Proje kapsamında alınan iki set; 0,2-2µl, 2-20 µl, 20-200ul ve 100-1000µl hacimli Mikropipetler sayesinde küçük hacimli sıvılar ölçülmektedir. Ayrıca değişik hacimlerdeki 8 kanallı pipetler sayesinde 96 kuyucuklu deney düzenekleri hızlı bir şekilde hazırlanabilmektedir

 

Otoklav (ALP-54 lt )

 

 

Basınçlı su buharı ile doymuş bir ortamda 121 derece sıcaklıkta sterilizasyon yapan cihaz sayesinde laboratuvar sarf malzemesi ve solüsyonlarının sterilizasyonu sağlanmaktadır. 

 

 

 

 

 

 

Steril Kabin

 

 

Deney düzenekleri hazırlanırken her türlü bulaşmayı önleyen, aynı zamanda izole edilen DNA/RNA’ların kurutulduğu steril kabin.

 

Microsantrifüj, Vortex, Microdalga Fırın

 

 

 

 

Karışımları, çökelme prensibine göre tabakalara ayıran santrifüj, Agaroz jellerin hazırlanmasında kullanılan mikrodalga fırın ve küçük hacimlerin karıştırılmasını sağlayan vorteks.

 

Tezgâh ve Dolaplar

 

 

Yüksek sıcaklık ve aside dayanıklı olan tezgâhlar deneylerin yapılması için ortam oluşturmaktadır.